Chakra ist eine elementare Energie, die nötig ist, um Nin-Jutsu oder Gen-Jutsu anzuwenden. Das Chakra wird aus der Körperenergie und der Geist-Energie geformt. (man nennt diesen Vorgang Das Chakra schmieden) Je nach Jutsu muss man das Verhältnis von Körper- zu Geist-Energie unterschiedlich bemessen. Das Chakra fließt durch die Keirakukei; das sind praktisch "Adern", durch die das Chakra durch den Körper geleitet wird. Auf den Keirakukei gibt es 361 winzige Löcher. Man nennt sie Tenketsu. Durch sie kann man Chakra ausströmen lassen, was z.B. bei Juken oder Kugutsu no Jutsu nötig ist. Im Körperinneren gibt es acht Stellen, an denen die Tenketsu sehr nahe an die Organe geknüpft sind. Es sind Tore, die - wenn man sie öffnet - den Chakrafluss enorm stärken, aber dabei auch den Körper beschädigen (Knochenbrüche, Muskelrisse). Sie heißen (der Reihe nach): Kaimon (Tor der Öffnung), Kyumon (Tor der Ruhe, im Gehirn), Seimon (Tor des Lebens), Shomon (Tor des Schmerzes), Tomon (Tor der Grenze), Keimon (Tor des Sichtes), Kyomon (Tor des Schockes, auf der Wirbelsäule) und Shimon (Tor des Todes, auf dem Herzen). Man nennt sie zusammen Hachimon. Wenn man alle acht Tore geöffnet hat, befindet man sich in einem Zustand, den man Hachimon Tonko nennt. In diesem Zustand ist man unglaublich stark, aber nach öffnen der acht Tore und dem Durchführen eines Angriffes, wird man unweigerlich sterben.
Naturchakra/ Elementarchakra
Das Chakra kann außerdem noch in die fünf Elemente (Katon, Fuuton, Raiton, Doton, Suiton) unterteilt werden. Normalerweise zeigt jeder Shinobi eine Affinität zu einem dieser Elemente (z.B. Uchiha-Clan zu Katon), es gibt jedoch auch Ausnahmen (z.B. Rock Lee). Anfangs besitzt der Shinobi nur ein Element, jedoch kann er in Besitz von bis zu drei Elementen gelangen. Manche Ninja beherrschen von Geburt an zwei verschiedene Gundelemente, die zudem zu einem neuen, einzigartigen Element vermischt werden können. Diese Fähigkeiten werden Kekkei Genkai gennant und werden genetisch weitergegeben, d.h. dass man sie nicht erlernen kann. Ein Beispiel für so ein Mischelement ist das Mokuton von Yamato, der Suiton (Wasser) und Doton (Erde) zu dem Element Holz vereinigen kann oder das Hyouton (Eisversteck) von Haku.
Alle Grundelemente unterliegen dem Stein-Schere-Papier-Prinzip. So ist Katon stärker als Fuuton, aber schwächer gegenüber Suiton. Ein Nin-Jutsu aus dem Feuerversteck hat also kaum eine Wirkung auf Wasserversteck-Jutsus. Die Reihenfolge der 5 Grundelemente sind: Katon → Fuuton → Raiton → Doton → Suiton.Desweiteren gibt es noch eine andere Art von Naturchakra und zwar die, die man bei den Senjutsus braucht
Das normale Chakra
Das normale Chakra besitzt jeder Ninja. Im Anime ist es blau dargestellt, im Manga wird jedoch gesagt, dass es gelb sei. Wenn ein Shinobi sein gesamtes Chakra verbraucht, kann er keine Nin- oder Genjutsus mehr wirken und ist sehr erschöpft. Man kann sein Chakra trainieren indem man es im Training des öfteren vollständig verbraucht. Dadurch wird es gestärkt und der Chakravorrat vergrößert sich ein wenig. Außerdem gilt: Je besser man sein Chakra unter Kontrolle hat desto weniger verbraucht man beim Wirken von Nin- und Genjutsus.
Das Chakra kann auch für andere Dinge ausser Nin- und Genjutsus verwendet werden. Konzentriert man z.B. sein Chakra auf seine Füße kann Bäume bzw. Wände hochlaufen und über Wasser gehen. Desweiteren kann ein Ninja durch dieses Anwenden seine Tritte und Schläge verstärken.Manche Ninja wie z.B. Neji können Chakra an jeder Stelle ihres Körpers freilassen.
Das violette Chakra
Das Juin-Chakra ist violett und kann in verschiedenen Stufen freigesetzt werden. Man erhält das Mal des Fluches durch einen Biss von Orochimaru. Da man nur eine zehnprozentige Überlebenschance hat, besitzen es nur sehr wenige. Diese wenigen sind hauptsächlich Oto-Nins, wie die Sound-Five oder Sasuke Uchiha. Sasuke bricht mit dieser Kraft einem Genin bei den Chunnin]]-Auswahlprüfungen den Arm mit einer Hand.
Das orange-rote Chakra
Das Kyuubi Chakra ist das Chakra des versiegelten neunschwänzigen Fuchses. Es kann in verschiedenen Formen sichtbar werden: nullschwänzige Form, einschwänzige Form, zweischwänzige Form, usw. Es ist so stark, dass es Narutos Wunden binnen weniger Sekunden heilt. Sobald Naruto jedoch vier Schwänze in seinem Fuchsgewand hat, verbrennt das Chakra seine Haut und absorbiert einen Teil seines Blutes. Naruto verwendet dieses Chakra zum ersten Mal im Kampf gegen Haku. Im Kampf gegen Orochimaru (Naruto Shippuuden) sieht man in der Anime-Serie zum ersten Mal den vierten Schwanz. Nach dem Kampf muss Naruto sofort von Sakura Haruno geheilt werden.
Das weiße Chakra
Weißes Chakra ist bisher nur von Sakumo Hatakes Waffe, dem Hatake-Familientanto bekannt. In Kakashi Gaiden wird es das erste mal von Kakashi Hatake genutzt.
Das pinke Chakra
Pinkes Chakra besitzen diejenigen, die das Sternentraining aus Hoshigakure beendet haben. Sie können sogar mit diesem Chakra fliegen.
Anmerkung: Dieses Chakra kommt nur im Anime vor.
Das grüne Chakra
Das medizinische Chakra hat eine grüne Farbe. Grünes Chakra taucht auf, wenn man Verletzte heilt, weshalb viele Medizin-Ninjas dieses Chakra haben. Je besser der Benutzer des Shousen no Jutsu ist, desto besser kann er schlimmere Verletzungen heilen.
Das "dunkelgrüne" Chakra
Grünes Chakra des dritten Tores
Dieses "dunkelgrüne" Chakra kommen im Anime nur bei Rock Lee und seinem Sensei Maito Gai vor. Die beiden können ihre Inneren 8 Tore des Lebens öffnen und so eine Extreme Menge an Chakra freisetzen. Dadurch können sie mit einer enormen Geschwindigkeit und Kraft angreifen. Nachdem sie die Tore geöffnet haben, sind sie sehr erschöpft, was sie allerdings nicht daran hindert weiter zu kämpfen.
